Su formación intelectual la adquirió en Coimbra siguiendo la escuela agustiniana, según la corriente de los "victorinos" de París, donde se habían formado los maestros de Santa Cruz. De allí salió con una formación completa y bien asimilada que le permitió aprender tanto lo que era necesario en la evolución de su pensamiento y aspiraciones espirituales, como la preparación requerida para ser ordenado sacerdote, para la "exercitatio ecclesiastica", expresión procedente de la Assidua que podemos interpretar como el ministerio sacerdotal, la actividad pastoral de un sacerdote, ordenado seguramente por el Obispo de Coimbra.
1. Se ha discutido este punto teniendo en cuenta la fecha canónica exigida entonces para ser ordenado, no menos de treinta años. A. Callebaut tomaba esa indicación del Papa Inocencio III como justificación de su propuesta: san Antonio ordenado en Forlí en 1221. En la práctica se admitían las excepciones y por necesidades pastorales se procedía a la ordenación sacerdotal a los veinticinco años desde 1179, cuando la cura de almas estaba implicada, según el III Concilio Lateranense, las Decretales de 1191-1192. En Santa Cruz de Coimbra, según el derecho vigente, podían ser ordenados sacerdotes desde los veinticinco a los treinta años, como parece lo más probable en el caso de Fernando Martins, por lo que al pasar en 1220 a los Franciscanos, que vivían en San Antonio de los Olivos, ya sería sacerdote.
Esta información es la más segura a pesar de la imprecisión de las "Leyendas" antiguas, excepto laRaimundina y la adición del códice 74 de la Biblioteca Antoniana de Padua (del s. XIV), que recuerdan la respuesta dada a fray Graciano, a saber, que era sacerdote antes de pasar a ser franciscano; su ordenación tendría lugar antes de 1220, en Santa Cruz de Coimbra, cuando contaba entre 25 y treinta años, aunque no sabemos la fecha exacta porque no hay libros de asientos de ordenaciones, de esta época, en las diócesis de Portugal. Esta ha sido aceptada como opinión común, sin duda la mejor documentada.
2. Tal opinión descarta la lectura de la Assidua, al citar la presencia de san Antonio en Forlí en 1221, cuya interpretación le menciona como para ser ordenado sacerdote, cuando varios frailes se reunieron con otros hermanos de la Orden de Predicadores; allí san Antonio predicó a los presentes, pues estaba allí "no como un ordenando" sino entre el grupo de los acompañantes requeridos por el rito mismo. La Assidua no afirma que haya sido ordenado en Forlí, sino que se encontraba entre los presentes -affuit inter eos-. El dato lo confirma la leyenda Raimundina al referir su presencia en Emilia Romaña, después del Capítulo general de "las Esteras" de 1221, al lado del Ministro provincial fray Graciano, que al llevarlo consigo le preguntó si era sacerdote, a lo que respondió escuetamente que era sacerdote desde hacía muy poco: "brevissime se sacerdotem existere, multiloquii vitans periculum brevitate"; la misma respuesta se encuentra en la adición del códice 74 ya citado.
La Vita secunda de fray Julián de Espira, en cambio, daría lugar a confusión al afirmar sin más su presencia en Forlí cuando se reunieron allí muchos frailes que habían sido enviados para recibir las sagradas órdenes, "pro suscipiendis Ordinibus missi ad civitatem Forlivii". Fray Bartolomé de Pisa es el único testimonio antiguo que habla de la ordenación en Forlí, interpretando de forma personal las palabras de la Assidua, según afirma A. D. de Sousa Costa, y sin que sea conocida tal opinión antes de 1401. La frase "affuit inter eos Antonius", "se encontraba entre ellos Antonio", podía interpretarse como si hubiera ido allí a recibir la ordenación, mientras -creemos- tiene un sentido más general: estaba allí con todos los reunidos, dominicos y franciscanos, ordenandos y ordenados y otros hermanos no clérigos, con los que se encontraba para tomar parte en la celebración.
